Jika disetujui, permohonan perpanjangan jangka waktu diberikan untuk paling lama 1 (satu) bulan sejak berakhirnya jangka waktu (2 bulan) dan dikenai biaya permohonan perpanjangan berdasarkan ketentuan perundang-undangan di bidang penerimaan negara bukan pajak yang berlaku pada Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia.

Jika Pemohon tidak memberikan tanggapan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, maka dalam waktu 2 (dua) bulan, Direktorat Paten, DTLST dan RD, memberitahukan kepada Pemohon bahwa Permohonan dianggap ditarik kembali.  

Direktorat Paten, DTLST, dan RD dalam waktu paling lambat 2 (dua) bulan memberitahukan secara tertulis bahwa Permohonan ditolak.

Upaya hukum atas penolakan Permohonan, diajukan ke Komisi Banding Paten.

Pemohon harus menyampaian salinan dokumen yang diminta dapat disertai tambahan penjelasan secara terpisah oleh Pemohon.

Dalam hal Pemohon atau Kuasa tidak memberikan jawaban atas permintaan pemeriksa untuk melakukan divisonal permohonan, pemeriksa  hanya memeriksa kelompok Invensi yang pertama.

Pemohon dapat mengajukan percepatan pemeriksaan substantif berdasarkan kerja sama regional dengan ketentuan:
1. Pemohon harus melengkapi persyaratan administrasi permohonan; dan
2. Permohonan percepatan diajukan paling lambat sebelum dikeluarkan hasil pemeriksaan substantif tahap akhir.

1. Pemohon harus memberikan jawaban atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif.                                                                                                                      
2. Tanggapan atas Jawaban dapat mencakup penjelasan, sanggahan, tambahan informasi, perubahan, perbaikan, dan/atau pemenuhan kekurangan atas pemberitahuan.                                                                                                              
3. Perubahan dan/atau perbaikan dapat dilakukan sepanjang tidak memperluas lingkup Invensi yang diajukan semula.

1. Dalam hal Pemohon atau Kuasa memberikan tanggapan atas pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, pemeriksa harus mempertimbangkan tanggapan tersebut.
2.  Apabila tanggapan masih belum memenuhi ketentuan sebagaimana tercantum dalam surat pemberitahuan hasil pemeriksaan substantif, Pemeriksa dapat memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau Kuasa yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
3. Dalam hal tanggapan memuat perubahan terhadap Klaim, Pemeriksa harus memeriksa perubahan klaim tersebut.
4. Dalam hal perubahan Klaim tersebut tidak memenuhi ketentuan, Pemeriksa harus memberitahukan hal tersebut secara tertulis kepada Pemohon atau kuasanya, yang disertai jangka waktu pemenuhannya sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
6. Pemberitahuan harus memuat secara jelas dan rinci disertai dengan alasan dan acuan pembanding yang digunakan dalam pemeriksaan substantif.
7. Pemberitahuan tersebut dapat juga memuat saran untuk perbaikan.

Dalam hal pemeriksaan substantif dilakukan terhadap permohonan dengan Hak Prioritas, Pemeriksa dapat meminta kepada Pemohon dan/atau kantor Paten di
Negara asal Hak Prioritas atau di negara lain mengenai kelengkapan dokumen berupa:
1. salinan sah surat yang berkaitan dengan hasil pemeriksaan substantif yang dilakukan terhadap Pemohon Paten yang pertama kali di luar negeri;
2. salinan sah dokumen Paten yang telah diberikan sehubungan dengan Permohonan Paten yang pertama kali di luar negeri;
3. salinan sah keputusan mengenai penolakan atas Permohonan Paten yang pertama kali di luar negeri dalam hal Permohonan Paten dimaksud ditolak;
4. salinan sah keputusan penghapusan Paten yang pernah dikeluarkan di luar negeri dalam hal Paten dimaksud pernah dihapuskan; dan/atau
5. dokumen lain yang diperlukan.                                                                                                                                                      
6. Dalam hal kelengkapan dokumen berbahasa asing, Pemeriksa dapat meminta terjemahan dalam bahasa inggris atau bahasa Indonesia.                                                                                                                                                              
7. dokumen-dokumen terebut diatas dapat dijadikan dasar pertimbangan pemeriksa dalam memberikan keputusan menyetujui atau menolak permohonan dengan hak prioritas.

1. Apabila selama proses pemeriksaan substantif, Pemeriksa menilai suatu Permohonan terdiri atas beberapa Invensi atau beberapa kelompok Invensi yang tidak merupakan satu kesatuan Invensi sehingga perlu dilakukan Divisional Permohonan maka Pemeriksa memberitahukan kepada Pemohon atau Kuasa untuk melakukan Divisional Permohonan.
2. Pengajuan Divisional Permohonan dilakukan paling lama 3 (tiga) bulan sejak tanggal surat jawaban Pemohon setuju untuk Divisional Permohonan.
3. Dalam jangka waktu tersebut, Pemeriksa tidak boleh memberikan keputusan akhir Permohonan Paten semula.

Pemohon dapat mengajukan percepatan pemeriksaan substantif berdasarkan kerja sama bilateral dengan ketentuan:
1. Pemohon harus melengkapi persyaratan administrasi permohonan percepatan dan membayar biaya sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan;
2. Permohonan tersebut telah selesai diumumkan di laman resmi Direktorat Jenderal Kekayaan Intelektual dengan melampirkan bukti pengajuan dan pembayaran biaya pemeriksaan substantif; dan
3. Permohonan percepatan diajukan paling lambat sebelum dikeluarkan hasil pemeriksaan substantif tahap awal.

1. Pemeriksa memberikan keputusan untuk menyetujui atau menolak Permohonan Paten paling lama 30 (tiga puluh) bulan terhitung sejak:                                                                   
a. tanggal diterimanya surat Permohonan pemeriksaan substantif apabila Permohonan pemeriksaan substantif diajukan setelah berakhirnya jangka waktu pengumuman; atau
b. berakhirnya jangka waktu pengumuman apabila Permohonan pemeriksaan substantif diajukan sebelum berakhirnya jangka waktu pengumuman.
2. Dalam hal Permohonan telah dilakukan pemeriksaan substantif, Pemeriksa memberitahukan secara tertulis kepada Pemohon keputusan untuk menyetujui atau menolak Permohonan.
3. Paten yang diberikan oleh Menteri dicatat dan diumumkan melalui media elektronik.